国家气候中心设置有12个部门:办公室、业务科技处(北京气候中心秘书处)、计划财务处、人事教育处(离退休干部办公室)、党委办公室(监察审计室)5个职能处室,以及气候服务室(决策服务中心气候服务室)、气候预测室(东亚季风活动中心、全球长期预报产品中心)、气象灾害风险管理室(气候灾害监测预警中心)、气候变化室(气候变化中心办公室)、气候模式室、气候研究开放实验室、业务系统发展与运控室7个科研业务处室,另外还设有博士后科研工作站。
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