项目的组织部门为中国气象局、中国科学院、教育部、农业部、水利部，中国气象局为第一主持部门。项目根据总体实施方案设置了5个课题28个专题163个子专题。参与研究的有5个部委的31个单位的731名研究人员。通过五年（1996-2000年）的攻关研究，建立了国家和地区第一代短期气候监测、预测、评价和服务业务系统，作为项目业务依托单位的中国气象局国家气候中心通过项目的实施，可为国内外用户提供了14种以上的气候产品，大大提高了我国气象业务现代化整体技术水平，使气候预测由经验统计走向客观化、定量化、自动化，带动了我国整体数值天气和气候预报技术发展，增强中国在这个领域的国际竞争力，使中国占有了一席之地。2004年，项目获得国家2003年度科学技术进步一等奖
短期气候预测是国际大气科学和地球科学领域的前沿课题，也是极其困难的跨学科问题。气候预测面对的是整个复杂的气候系统及其变化，它涉及到大气圈、岩石圈、生物圈、冰雪圈和水圈的变化和相互作用，因而也受到其它相关学科发展的限制与制约。加之中国有青藏高原，亚洲季风和太平洋的共同影响，气候成因极其复杂和特殊。
该项目的主要创新性成果创新成果主要有三个方面。
* 揭示出影响中国气候异常的最强气候信号是厄尔尼诺事件，高原积雪和季风。
研究表明，1厄尔尼诺现象对中国降水有重要影响，厄尔尼诺次年我国北方及长江流域以南多雨，黄淮地区少雨，呈现南北两条雨带的分布。2由于全球变暖，造成欧亚积雪不断减少，但青藏高原冬季的积雪却在不断增加。它对中国气候的影响在不断加强，特别是它明显地影响中国夏季的降水。3南海季风爆发早晚与以后夏季降水有很好的负相关关系。上述前兆气候信号的发现，明显增强了业务应用的可靠性和准确性。为设计和研制气候模式系统，提供了基本指导和实际数据。
* 发展并建立了复杂的全球与区域动力气候模式预测系统。
该模式系统包括五个模式，即T63L16全球大气环流模式；高分辨率区域气候模式；T63L30全球海洋模式和海冰模式；太平洋和印度洋高分辨率海洋模式和厄尔尼诺预测模式。与国际上同类型模式相比，我们研制的气候模式有下列重大创新：用新的日通量距平耦合和三维嵌套方法实现了气候系统中主要圈层的耦合及不同用途模式的嵌套；稳定和合理的动力框架；复杂和先进的物理参数化方案与青藏高原大地形的合理处理方法；更精细、合理的积雪模式和陆面过程模式；较高的垂直与水平分辨率；相匹配的多种资料同化分析系统。
* 建立了在高性能计算机和网络的支持下的完整的业务应用系统。
从1998年开始，该系统已逐步成为国家气候中心和七大区域气象中心的主要业务系统，并且以不同的媒介形式定期和不定期向国内外发布各种气候产品和信息，及时为决策部门提供决策服务，其社会经济效益显著。
由本项目建立的中国短期气候系统在国际上进行了推广应用工作。通过每年中、日、韩定期主办的东亚国际气候预测会，为东亚和东南亚地区提供冬、夏季和跨年度气候预报。奠定了国家气候中心升级为世界气象组织下属的亚洲区域气候中心的基础。建立了亚洲及太平洋地区厄尔尼诺监测和预测网络。成为定期为世界气象组织（WMO）提供厄尔尼诺预报的主要单位之一。
