受“珍珠”影响，自16日到18上午8时，广东大部、福建、江西东部和南部、浙江南部、台湾等地出现了50～100毫米的降水，其中广东东部、福建南部的雨量达100～250毫米。雨量大于250毫米的站点有：福建南靖280.3毫米、平和322.2毫米、漳州244.3毫米、龙海282.5毫米、漳浦382.9毫米、云霄291.3毫米、诏安404.2毫米、厦门263.8毫米，广东潮阳433.8毫米、汕头425毫米、惠来315毫米。其中近24小时内降雨量超过300毫米的测站是广东的潮阳399毫米、澄海343毫米、南粤324毫米、饶平375毫米，福建的诏安381毫米、漳浦359毫米（见图2）。另外，广东中部和东部的沿海和福建南部沿海出现8～9级大风，阵风10～12级、局地阵风有13级，其中广东揭阳市惠来县靖海镇17日23时14分出现15级（47.3米/秒）阵风；台风中心经过的地区风力有11～12级。

截至5月19日不完全统计，受台风“珍珠”正面袭击，广东省汕头、汕尾、潮州和陆丰等市受灾，受灾人口798.8万人，死亡4人，紧急转移人口32.9万余人，3.48万人被困；倒塌房屋4500间；农作物受灾面积3.81万公顷；因灾造成直接经济损失32.04亿元。福建省有60个县（市、区）、425个乡（镇）、315.5万人受灾，紧急转移安置人口70.9万人，死亡15人，失踪4人；倒塌房屋9600间，损坏房屋1.2万间；农作物受灾面积154.12千公顷，成灾面积85.66千公顷，绝收面积36.79千公顷；因灾直接经济损失38.02亿元。